La pneumocystose est une infection opportuniste fréquente chez les patients immunodéprimés, en particulier les sidéens. Le diagnostic de cette pneumonie présente plusieurs difficultés vu la faible sensibilité des colorations classiques et l’absence de milieux de culture pour Pneumocystis. Les techniques de biologie moléculaire et spécialement la PCR ont permis d’améliorer la détection de l’ADN de ce champignon dans les prélèvements invasifs et non invasifs et même dans l’environnement, ce qui a mis en valeur la transmission interhumaine et l’existence d’une source environnementale de Pneumocystis. Par ailleurs, différentes techniques de biologie moléculaire ont été employées pour le typage des souches de Pneumocystis et surtout P. jirovecii qui est caractérisé par une importante biodiversité génétique. Enfin, l’utilisation très large du cotrimoxazole pour le traitement et surtout pour la prophylaxie de la pneumocystose pose le problème de l’augmentation des résistances aux sulfamides chez P. jirovecii.

Pneumocystosis is a common opportunistic infection in immunocompromised patients, especially in AIDS patients. The diagnosis of this pneumonia has presented several difficulties due to the low sensitivity of conventional staining methods and the absence of culture system for Pneumocystis. The molecular biology techniques, especially the PCR, have improved the detection of DNA of this fungus in invasive and noninvasive samples, and in the environment which highlighted human transmission and the existence of environmental source of Pneumocystis. In addition, various molecular biology techniques were used for typing of Pneumocystis strains, especially P. jirovecii, which is characterized by a significant genetic biodiversity. Finally, the widespread use of cotrimoxazole for the treatment and prophylaxis of pneumocystosis has raised questions about possible resistance to sulfa drugs in P. jirovecii.